Masalah kesehatan yang dihadapi oleh anak usia sekolah sangat kompleks dan bervariasi, berkaitan dengan hal itu, pelaksanaan UKS di tingkat TK dan SD berbeda dengan tingkat SMP dan SMA.
Pada anak usia TK dan SD biasanya berkaitan dengan kebersihan perorangan dan lingkungan seperti gosok gigi yang baik dan benar, kebiasaan cuci tangan memakai sabun, serta membersihkan kuku dan rambut. Untuk itu pelaksanaan UKS adalah memupuk kebiasaan PHBS (Perilaku Hidup Bersih dan Sehat) sedini mungkin dengan membentuk kebiasaan menggosok gigi dengan benar, mencuci tangan, serta membersihkan kuku dan rambut.
Pada anak usia SMP dan SMU yang merupakan masa peralihan (remaja), masalah kesehatan yang dihadapi biasanya berkaitan dengan perilaku berisiko seperti merokok, penyalahgunaan NAPZA (Narkotika, Psikotropika dan Zat Adiktif lainnya), kehamilan yang tak diinginkan (KTD), abortus yang tidak aman, Infeksi Menular Seksual (IMS) termasuk HIV/AIDS, kesehatan reproduksi remaja, stress dan trauma.
Pelaksanaan UKS di SMP dan SMU lebih difokuskan pada pencegahan perilaku berisiko yang biasanya sering dilakukan remaja sesuai dengan ciri dan karakteristik yang selalu ingin tahu, suka tantangan dan ingin coba-coba sesuatu hal yang baru serta penanganan akibatnya. Murid usia SMP dan SMU perlu dibina agar menjalankan hidup sehat lewat keterampilan hidup sehari-hari (life skill education).